PROTOCOLE : Les filtrations en mer pour les pigments phytoplanctoniques

Résumé :

1. Prélèvement d’environ 2 L d’eau par échantillon à partir des bouteilles Niskin de la rosette. On peut filtrer moins lorsqu’on est dans des eaux plus chargées en particules (mesurer avec une eprouvette).

2. Filtration sur filtres GF/F 25 mm de diamètre.

3. Congélation immédiate dans l’azote liquide et stockage possible par la suite à -80°C.

Précautions à prendre :

-                      Ne pas travailler sous une lumière directe (risque de dégradation ou modification des pigments) (il suffit d’éteindre la lumière au dessus du poste de filtration).

-                      Filtrer le plus rapidement possible après remontée de la rosette

-                      Congeler les échantillons rapidement après la filtration (risque de dégradation des pigments)

Description détaillée :

1. Prélèvement de 2.27 d’eau par échantillon à partir des bouteilles Niskin de la rosette (pour une meilleure reproductibilité, remplir les flacons jusqu’au goulot (Nous utilisons les flacons suivants : FLACON 2L COL ETR., PC - Ref chez VWR : 215-7583). Si vous utilisez d’autres types de bouteilles, notez bien le volume de la bouteille remplie jusqu’au goulot. On peut filtrer moins lorsqu’on est dans des eaux plus chargées en particules. Le volume prélevé doit être mesuré et noté avec précision si on ne rempli pas le flacon complètement.

2. Préparation : Préparer le dispositif de filtration : les porte-filtres et les entonnoirs doivent être propres  (nettoyés a l’eau douce), et protégés avec du papier aluminium en attendant la filtration. Les filtres GF/F sont mis en place à l’aide d’une pince propre, et toujours dans le même sens (exemple : face quadrillée vers le haut).

Attention, le filtre doit être bien centré pour éviter les fuites. Pour cela, allumer la pompe (pompe à jet d’eau + vanne, Ref 16510 chez Fisher Scientific) et ouvrir la vanne : l’aspiration permettra de « coller » le filtre dans la bonne position. Ainsi il ne sera pas déplacé lorsqu’on installe l’entonnoir par-dessus. Maintenir le tout avec une pince de fixation.

3. Filtration sur filtre GF/F Whatman, 25 mm de diamètre (porosité 0,7 µm). (Evitez absolument les filtres à 47mm de diamètre car la technique d’extraction n’est pas adaptée.) Filtrer toute l’eau de la bouteille. Avant le début de la filtration, ce volume peut être diminué à 1 L et même à 250 mL si les eaux sont très chargées en particules. Comme c’est un processus relativement long, utiliser les bouchons avec un système de siphon (voir Figure 1).

Allumer la pompe, ouvrir la vanne et laisser filtrer en prenant garde de ne pas laisser le filtre venir complètement à sec car ceci pourrait abîmer les cellules et si la filtration n’est pas terminée, entraîner une perte de pigments à travers le filtre. La dépression ne doit pas excéder 0.02 cm Hg (risque d’éclatement des cellules).

4. Des que le filtre vient à sec (normalement la filtration ne devrait pas durer plus d’une heure), fermer la vanne. Plier le filtre en deux et le presser rapidement entre deux morceaux de papier absorbant propres et secs.

Puis plier le filtre en quatre (toujours avec une pince) et le placer dans une boite de petri portant l’identification de l’échantillon enveloppée avec de l’aluminium.

Si vous devez vous absenter alors que la filtration d’un échantillon est presque finie : il suffit de fermer la vanne et continuer la filtration à votre retour. L’important est de ne pas laisser venir à sec pendant votre absence.

Figure 1 : Poste de filtration                         Figure 2 : stockage dans l’azote liquide.

5. Stockage des filtres au froid et à l’abri de la lumière et retour des échantillons

Les cryotubes doivent être stockés rapidement à l’azote liquide (Figure 2). On peut les conserver ensuite dans un congélateur à –80°C pour une longue durée.

S’il y a un problème, stocker tous les échantillons au congélateur à -80°C.

Le remplissage du cryoconservateur est délicat : il doit être fait en au moins 5 étapes (voir spécifications de votre cryoconservateur).

6. Les  informations qui doivent accompagner les échantillons lors d’une campagne océanographique devraient être réunies dans un cahier de manips tel que celui qui est illustré dans l’exemple ci-dessous : Toutes ces informations sont utiles pour la suite, il ne faut pas les omettre (ne pas compter sur un eventuel fichier informatique qui peut etre perdu, oublié etc…).

Indiquer si le volume indiqué a été mesuré avec une éprouvette.

**** Autres informations à fournir avec les échantillons qui seront nécessaires pour la validation (si disponibles): les fichiers bouteille des CTD.